یکی از مراجع دادگستری و منفک از نیروهای مسلح، واز مراجع خاص قضائی ،سازمان قضائی نیروهای مسلح می باشد که به جرائم خاص نظامیان رسیدگی می نماید. ریاست سازمان قضائی به عهده رئیس شعبه اول نظامی 1 مرکز می باشد و عنداللزوم می تواند دارای یک یا دو معاون باشد.

درمعیت دادگاههای نظامی دادسرای نظامی قراردارد که از دادستان و تعدادی دادیار و بازپرس تشکیل می گردد. وظائف و اختیار دادستان و دادیاران و بازپرسان نظامی، تعقیب و تحقیقات از متهم نظامی برابر قانون آئین دادرسی نیروهای مسلح می باشد.

پس از صدور قرار نهایی توسط دادیار یا بازپرس نظامی، براساس کیفر خواست صادره توسط دادستان نظامی، پرونده کیفری با توجه به حدود و صلاحیت دادگاه­های نظامی یک ودو ( حسب مورد) به دادگاههای مذکور ارسال می گردد.